细菌性腹泻和病毒性腹泻主要有以下几方面区别：
病原体不同
细菌性腹泻：由各种致病性细菌引起，常见的如沙门氏菌、志贺氏菌、大肠杆菌（包括致病性大肠杆菌、产肠毒素大肠杆菌等）、霍乱弧菌、副溶血性弧菌、弯曲菌等。这些细菌可以通过污染的食物、水源，或者人与人之间的接触等途径进入人体肠道，进而引发肠道病变。
病毒性腹泻：主要是由病毒感染导致，常见的病毒有轮状病毒、诺如病毒、腺病毒、星状病毒等。轮状病毒在婴幼儿腹泻中较为常见，常通过粪 – 口途径传播；诺如病毒则容易在人群密集场所（如学校、养老院、游轮等）引发聚集性疫情，可经食物、水、接触等多种方式传播。
临床表现有差异
发病特点：
细菌性腹泻：通常起病可急可缓，部分患者在进食被污染食物后数小时至十几小时内发病，病情轻重不一，有的患者除腹泻外，还可能伴有较明显的腹痛，疼痛性质多样，可为绞痛、钝痛等，往往有里急后重感（即排便不尽感，频繁想上厕所），大便性状可表现为黏液便、脓血便等，这是因为细菌侵袭肠道黏膜，造成黏膜损伤、炎症渗出所致。
病毒性腹泻：起病往往比较急，尤其是像诺如病毒感染，常常突然发作，短时间内就出现恶心、呕吐、腹泻等症状，呕吐症状相对突出，很多患者先是频繁呕吐，之后才出现腹泻，腹泻次数较多，多为水样便，一般没有里急后重感，腹痛相对较轻微。
发热情况：
细菌性腹泻：部分患者容易出现发热症状，体温可因细菌种类及感染程度不同而有差异，比如志贺氏菌感染引起的细菌性痢疾，常有高热表现，体温可高达 39℃甚至更高，同时伴随全身症状如乏力、寒战等。
病毒性腹泻：一些病毒感染也会导致发热，不过发热程度和持续时间不尽相同，像轮状病毒感染婴幼儿时，可能出现低热到中度发热，体温常在 37.5℃-38.5℃左右，一般持续 1-2 天。
病程长短不同
细菌性腹泻：其病程因细菌种类、患者个体免疫力以及是否及时有效治疗等因素而有所不同，一般来说，如果是较轻度的由大肠杆菌等引起的感染，经过规范治疗，病程可能在 3-7 天左右；但如果是如伤寒沙门氏菌等引起的较严重感染，未经妥善治疗，病程可能会持续数周甚至更久。
病毒性腹泻：多数病毒性腹泻属于自限性疾病，像轮状病毒腹泻在婴幼儿中，病程通常为 3-8 天左右；诺如病毒腹泻一般 1-3 天即可恢复，不过部分患者可能因个体差异、脱水等情况，病程稍有延长。
实验室检查特点
细菌性腹泻：通过粪便常规检查，常能发现白细胞、红细胞增多，尤其在有黏液脓血便时，红细胞和白细胞数量会比较明显，进行粪便细菌培养的话，可培养出相应的致病细菌，有助于明确病原菌种类，指导后续精准用药。
病毒性腹泻：粪便常规检查一般白细胞、红细胞较少见，更多呈现为水样便的特征，主要依靠检测粪便中的病毒抗原、核酸等方法来确诊，例如采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测轮状病毒抗原，或者通过聚合酶链反应（PCR）检测诺如病毒核酸等。
治疗原则区别
细菌性腹泻：通常需要根据病原菌种类选用针对性的抗菌药物进行治疗，比如志贺氏菌感染常用喹诺酮类药物（但儿童等特殊人群需谨慎选择）、头孢菌素类药物等；同时要注意纠正脱水、补充电解质、调节肠道菌群等对症支持治疗，以缓解腹泻、腹痛等症状，促进肠道功能恢复。
病毒性腹泻：主要是对症治疗，重点在于补充水分和电解质，防止脱水及电解质紊乱，因为多数病毒性腹泻没有特效抗病毒药物（部分如轮状病毒有相应疫苗可用于预防），随着机体自身免疫力发挥作用，病毒逐渐被清除，腹泻症状也会慢慢缓解。
了解这些区别有助于医护人员更准确地诊断病情，也能帮助患者及家属更好地认识疾病，采取恰当的应对措施。
